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  • 2018/10/04

[email protected]:對人類苯丙氨酸羥化酶中調控ACT結構域的模擬揭示了這種酶與苯丙氨酸的結合機制

苯丙氨酸羥化酶(PAH)是哺乳動物體內的一種非常重要的酶,它能夠調節動物體內的苯丙氨酸(Phe)含量,從而防止過高苯丙氨酸濃度產生的神經毒性對動物造成傷害(由基因失調導致的高苯丙氨酸血癥以及苯丙酮酸尿癥就是苯丙氨酸羥化酶異常的結果)。

四聚體1苯丙氨酸羥化酶2可以通過迅速的變構3在兩個亞基4的ACT結構域5之間形成一個蛋白質交互界面(protein-protein interface),并通過這個界面與苯丙氨酸的結合,從而感知苯丙氨酸濃度的變化。這個界面只存在于被激活的四聚體苯丙氨酸羥化酶(A-PAH)中,而在處于休眠狀態的四聚體苯丙氨酸羥化酶(RS-PAH)卻不存在。為了研究這種變構感知的機制,我們在這里使用了[email protected] 計算平臺的GROMACS分子動力學模擬工具,進行了廣泛的分子模擬和對苯丙氨酸與ACT結構域二聚體結合過程的 Markov state model analysis。

這些模擬的結果強烈暗示著在苯丙氨酸與ACT結構域二聚體的反應中有一種蛋白質構象選擇機制的存在;同時模擬結果也顯示出,在與苯丙氨酸結合的過程中,蛋白質起到了類似閘門的作用。對 Markov state model 的分析結果則發現了一條高度靈活的莖環(hairpin )6,實驗結果表明苯丙氨酸羥化酶的異構體L72W 的結構穩定性并沒有向著激活狀態改變。最后,對于ACT結構域單聚體的模擬結果:我們觀察到,在自發進行的激活-休眠形態轉換過程中,同樣存在一種構造選擇機制。這些機制的發現,讓我們對苯丙氨酸羥化酶的激活控制有了更深入的認識,并且為將來開發新變構效應因子(allosteric effectors)、用以修復苯丙氨酸羥化酶的結構與功能性缺陷提供了可試驗的假設。

譯者按:相關內容科普:

  1. 四聚體:四聚體為蛋白質四級結構中的一種蛋白質復合物名稱,表示“由四個亞基構成的蛋白質”。同理,下文中提到的單聚體即為“由一個亞基構成的蛋白質”。關于亞基的含義,下面的注釋有單獨的解釋。
  2. 四聚體苯丙氨酸羥化酶:原核細胞的苯丙氨酸羥化酶是單聚體,真核生物體內的苯丙氨酸羥化酶則處于四聚體與二聚體的平衡狀態引1,四聚體是酶高親和力和搞催化能力的形態,四聚體的特異活性是二聚體的五倍引2。而本文的主要研究對象看起來只限于四聚體苯丙氨酸羥化酶。
  3. 變構:又稱別構,即蛋白質結構的改變。在這里,原文實際上描述的是一個“別構調節”的過程,所謂別夠調節,簡單的理解,就是酶(蛋白質)通過調整自己的結構來改變活性,以起到調節體內某種特定反應速度的作用。
  4. 亞基:指參與組成蛋白質復合物(寡聚體或多聚體)的單個蛋白質分子。一個蛋白質亞基就是一條多肽鏈,而一條多肽鏈是由一組基因所編碼,這就意味著每個亞基都由一組基因編碼。引3
  5. ACT結構域:蛋白質結構域(英語:protein domain)是蛋白質中的一類結構單元,是構成蛋白質(三級)結構的基本單元。引4ACT結構域是一種在蛋白質中非常常見的結構域,它與多種受氨基酸濃度調控的代謝酶有關。它得名于三種含有這種結構域的蛋白質: Aspartate kinase (天冬氨酸激酶), chorismate mutase (分支酸變位酶)和 TyrA (預苯酸脫氫酶)。引5這種結構能通過精確調整蛋白質的構象提供變構調節。
  6. 莖環:莖環(英語:Stem-loop,或譯主干-循環)指一種分子內堿基配對方式,與因此形成的結構,可發生于單股DNA,但在RNA分子中較為常見。當形成的循環較小時,也稱為發夾(hairpin)或發夾環。引6

譯者引用條目:

  1. 維基:Phenylalanine hydroxylase條目“Tetramerization domain”部分
  2. 苯丙氨酸羥化酶的研究進展》(《生命科學》第25卷 第4期 2013年4月)(實際上,引用的這篇發表于2013年的文章已經在相當程度上解釋了這篇項目論文的研究背景)
  3. 中文維基:蛋白質亞基
  4. 中文維基:蛋白質結構域
  5. 維基:ACT domain
  6. 中文維基:[1]
  • 2018/08/11

PrimeGrid:發現了目前第二大的廣義費馬質數
2018年8月4日,PrimeGird 的廣義費馬質數項目發現了該數:

2312092^524288+1 

這個廣義費馬質數長為三百三十三萬六千五百七十二位,為當前已知的第2大廣義費馬質數,在所有已知質數大小排名中位列第24。
該數的發現者是來自愛爾蘭的老鐵 Rob Gahan (Robish)。使用硬件為:NVIDIA GeForce GTX 690 in an Intel(R) Core(TM) i7-3930K CPU at 3.20GHz with 12GB RAM, 運行 Windows 10 Professional Edition 。這臺機器的GPU用了約2小時36分鐘完成了該數的PRP檢驗。Rob是Storm team 的成員。

  • 2018/07/29

[email protected]:Distr. Hardware Evolution,BOINC平臺計算程序問題
我們發現BOINC客戶端在64位系統中有點小問題。
Boinc在64位系統中運行時,除非事先在cc_config.xml中設置過tag,否則會同時嘗試調用32位和64位的計算程序,boinc 通過這種操作來測試哪種計算程序更快。
32位計算程序遠遠慢于64位,這就解釋了最近為什么大家的得分都低了。

快速檢查是否出現此問題的方法:

  • 查看任務管理器 -> 進程 ,看里面有沒有名為java.exe *32的進程。
  • 還可以通過在網站上查看你完成的任務使用的計算程序版本來確認。

我們已經找到了解決方法,不過在解決問題之前,得先暫時停用32位的計算程序。 現在,直接停止所有任務,然后更新一下項目就可以解決這個問題了。

  • 2018/07/27

GPUGRID:Windows 系統的計算程序恢復正常
我們已經修復了Windows 系統的計算程序。
如果你發現計算程序出現“197 (0xc5) EXIT_TIME_LIMIT_EXCEEDED”這樣的錯誤,請嘗試以下操作:

  1. 重新運行基準測試(benchmark)
  2. 重置本項目
  • 2018/07/26

[email protected]:我們很高興的宣布:我們現在已經正式開始運行項目,歡迎大家積極參與 如果你是首次接觸我們,請在開始計算前看看這里 ,因為DHEP的工作方式與其他BOINC項目有些不同,但你會發現這些不同確實是必要的。

  • 2018/07/25

[email protected]: 對ET發現的觀測結果予以標準化,鏈接

  • 2018/07/10

[email protected]:發表了新成果
我們利用近期的計算結果在《天文與天體物理學報》上發表了一篇新論文。預印版現已可在ArXiv上獲取。該論文提出的新模型很快即可在DAMIT獲取。感謝大家的貢獻!

  • 2018/06/13

[email protected]:GDPR: 限制對項目統計信息下載的訪問
我們將禁止匿名訪問我們的項目統計數據下載,從6月14日下午3點開始生效。 這一舉措背后的原因是新的歐盟通用數據保護條例(GDPR)及其對我們用戶個人信息發布的義務。我們已經和我們的社區討論過這個問題,并且找到了一個大多數人都能接受的方法。
不必擔心,以下服務及項目已向我們登記了個人用戶的信息訪問權,因此將能一如既往地收集我們的統計數據:

  • BOINCstats
  • BOINC Combined Statistics
  • Free-DC
  • GridRepublic
  • Gridcoin

我們還計劃添加一個新特性,允許單個用戶自動地以機器可讀的形式(假定是XML)獲取統計數據。我們將在它們準備好后盡快告訴大家。

  • 2018/05/20

恭賀 Team China 獲得五枚銅牌!
2018年5月5日-19日為期兩周的第九屆BOINC國際五項賽結束了,在此次比賽中中國隊 Team China 共獲得 Marathon 項目 NumberFields、Swimming 項目 Universe、Cross Country 項目 PrimeGrid、City Run 項目 Asteroids 四塊單項賽銅牌,以及 Sprint 項目 Rosetta 的第六名,總分榜排名第三獲得團體銅牌。

  • 2018/05/14

[email protected]:新的計算程序 使用的是與之前不同的、更大的數據集,將導致內存的需求增加到 1.5G。

  • 2018/05/14

[email protected]:在目前的實驗中,我們利用基于色散的地-聲反演方案研究了淺水波導聲速剖面重構的精度。這個問題被轉化為特定的不匹配函數的黑盒最小化問題。
聲速剖面被認為是具有固定均勻間隔節點的分段線性函數。在這些節點上聲速值由反演過程得到。
本次實驗的創新點是:聲速剖面節點的深度也認為是反演參數的函數。注意到在 2017 年秋季實驗中,我們認為深度是恒定的。

  • 2018/05/12

Collatz Conjecture:為 Window 64 位 CPU 準備的新版計算程序(1.40)已經釋出。

  • 2018/05/07

Collatz Conjecture:發布了Linux 平臺計算程序
Collatz Sieve 的Linux 平臺計算程序現已發布。其中包含32位和64位兩個版本的CPU、ATI OpenCL 、Intel OpenCL 以及nVidia OpenCL 的計算程序。

  • 2018/05/06

PrimeGrid: 不要使用397.31版本的Nvidia驅動
我們注意到最近Nvidia發布了新的顯卡驅動,該版本的驅動造成了大面積的問題。397.31版本驅動看起來會導致顯卡運行一段時間后無法被CUDA和OpenCL程序訪問,并且只能通過重啟解決。這一問題有可能會影響到所有BOINC平臺上的項目,實際上,這個驅動有可能影響所有GPU程序,就算不是BOINC平臺上的分布式計算程序也無法幸免。

目前已經放出了397.55的hotfix 驅動,看起來已經修復了此問題。我強烈建議各位,要不升級至397.55,要不就干脆將驅動滾回397.31之前的版本。

  • 2018/04/20

[email protected]:新版本0.18發布:

  • 修復了內存泄漏問題
  • 去掉了一些沒用的數據文件
  • 增加了對winXP的兼容性
  • 2018/04/05

PrimeGrid:2018年4月3日,PrimeGird 的Extended Sierpinski Problem 子項目發現了一個超大質數:

193997*2^11452891+1 

該數長度為三百四十四萬七千六百七十位,在目前已知質數中排名第二十三。This find eliminates k=193997; 10 k's remain in the Extended Sierpinski Problem. 該數的發現者為來自美國的老鐵Tom Greer (tng*),使用的計算機為Intel(R) Xeon(R) E5-2620 v3 CPU @ 2.40GHz with 16GB RAM, running Microsoft Windows 10 。這臺計算機用了約3小時45分鐘完成了驗證。這位發現者是Sicituradastra. team 團隊的成員。

  • 2018/04/02

[email protected]: 新的模擬任務
剛剛上線了14個新的模擬任務。名稱為“de_modfit_XX_bundle5_NoContraintsWithDisk_1 ”,其中XX為09-23中的一個數。每個任務都是用了不同的參數及星體文件,所以我這很有可能出現把文件搞混的問題。這些任務都已經測試好了,不過如果各位發現任何問題,請將任務名及具體癥狀發布至官方論壇。
這里面某些任務根據不同的運行環境,可能會需要額外的計算量,任務得分會根據實際運算量計算。

  • 2018/04/01

PrimeGrid:創紀錄的新的胡道爾質數(Woodall Prime)
2018年3月21日,22:13:39 UTC ,PrimeGird 的胡道爾質數搜索項目發現了這個超大胡道爾質數:

17016602*2^17016602-1 

胡道爾數是形如:W(n)=n*2^n-1 的數。其中的質數則稱作胡道爾質數。更多信息請參見百科詞條。或官方科普頁面(英文):The Prime Glossary (http://primes.utm.edu/glossary)

該數長度為五百一十二萬兩千五百一十五位,是目前發現的最大的胡道爾質數,在所有已發現的質數中排名第16.這是PrimeGird 第四次發現最大質數、第四次發現胡道爾數,且是自2007年12月以來首次發現胡道爾數。

該數的發現者為來自意大利的老鐵Diego Bertolotti (ScOrPIoN) ,使用的硬件為 Intel(R) Core(TM) i7-2600 CPU at 3.40GHz with 8GB RAM ,運行Win 10 系統。該計算機花了4天6小時14分鐘完成了對這個數的質數檢驗。Diego 是Boinc @ Italy 團隊的成員。

更多信息請移步查看官方聲明。

  • 2018/03/28

[email protected]:近日美國彭博社發表了一篇題為《蛋白質工程有望成為科學的未來發展方向》的科學評論文章,介紹了[email protected] 項目背后的一些科學知識、蛋白質工程,以及 David Baker 。 鏈接地址

  • 2018/03/28

[email protected]:公測的參與者在我們的開發工作中扮演著至關重要的角色。
他們無私的計算為我們及時發現錯誤與隱患提供了很多幫助。在這里,我想對所有這些志愿者們說一聲謝謝。我們為測試者們新做了一枚公測參與者專享獎牌,并且我們會將測試期間的分數獨立出來進行統計。 再次感謝各位對項目的貢獻。

  • 2018/03/28

PrimeGird:2018年3月20日,PrimeGird 的子項目“搜索廣義費米質數”發現了這個數:

2061748^524288+1 

該質數長度為三百三十一萬零四百七十八位,為目前已知的第二大廣義費米質數,在已知質數排行榜中位列第22名。 該數的發現者是來自意大利的老鐵Cesare Marini (Cesare Marini) ,使用硬件為NVIDIA GeForce GTX 1060 in an Intel(R) Core(TM) i7-6700 CPU at 3.40GHz with 32GB RAM ,在Windows 10 Professional Edition 上運行的計算程序。這臺機器的GPU花了大約一個半小時的時間完成了檢驗該數的工作。

  • 2018/03/27

[email protected]:服務器升級計劃因主板上又一個CPU槽位壞了而放棄。我們將推遲此次升級,研究一下換主板到底值不值。

  • 2018/03/24

[email protected]:即將發布新版計算程序 在接下來的幾天里,我們將推出一款新的計算程序, 其研究目標為:新計算程序的探索目標是七次域,目前最好的上界是5e6,而這個程序將會將上界擴展到200e6, 也就是說,它會找出所有判別式小于200e6的七次域。

  1. 該研究預計持續5-6個月左右(也許會更長)
  2. 該程序與現有的decic 計算程序同時發放
  3. 該計算程序將只支持64位Windows 系統與64位Linux 平臺。
  • 2018/03/23

[email protected]:兩則新聞

    • 服務器的HTTPS協議

如各位所愿[email protected] 現在已經運作在HTTPS協議上。如果您在近幾個小時中遇到了問題,原因應該就是協議的切換。可能有些細節出現了變動,不過整體運作起來應該是沒有問題的。
之前的URL 仍然有效,不過已經重定向至HTTPS 版,所以您不必在BOINC中更改項目地址。
如果BOINC客戶端要求您重新添加項目,不用鳥他。剛切換那時有一小段時間URL 是不一致的,不過現在已經沒這個問題了。 如果您發現任何異常,請及時與我們取得聯系。

    • 服務器的問題

我們的服務器出了點問題,所以我們得對服務器進行回檔處理。多虧了新的備份系統,我們只丟失了18小時的數據。這期間發在論壇里的帖子可能會丟失,且今天發放的任務會出點問題。我們希望一切盡快回到正軌上。
我們對造成的不便表示抱歉。

  • 2018/03/21

theSkyNet POGS:向大家簡單匯報一下目前100MB數據塊的分析進度。
目前我們已經成功地處理完了16個數據集中的5個,而我們目前的速度是大約每周一個數據集。
結果數據庫看起來狀態也不錯。我沒發現太多驗證錯誤(大約每30個結果中有1個出錯),所以前景還是不錯的。
順便提一句,如果你在項目選項中勾選“運行測試程序嗎?(Run test applications?)”,那么你將只收到100MB數據塊的任務。

  • 2018/03/20

World Community Grid:DSFL項目(搜索利什曼病治療藥物)對篩選出的10個潛在分子進行了實驗室測試,全軍覆沒。 研究人員將把目光轉至其他化合物。

  • 2018/03/17

PrimeGrid:又發現一個創紀錄的廣義卡倫質數(Generalized Cullen Prime)
3月11日,PrimeGrid 的子項目“卡倫/胡道爾質數搜索”找到了目前已知最大的廣義卡倫質數:

1806676*41^1806676+1 

廣義卡倫數(Generalized Cullen numbers)是指形如n*b^n+1的數。其中的質數就稱為廣義卡倫質數。
該質數長為二百九十一萬三千七百八十五位,為目前已知最大的卡倫質數,在已知質數排行榜中位列第27名。
該數的發現者是來自日本的老鐵Hiroyuki Okazaki (zunewantan),使用硬件為 Intel(R) Xeon(R) E5-2670 CPU @ 2.60GHz with 4GB RAM, running Linux。這臺計算機用了大約七小時十三分鐘完成了對該質數的檢驗,Hiroyuki 是the Aggie The Pew 團隊的成員。

  • 2018/03/16

VGTU [email protected]:我們最近正全力以赴地解決當前研究上的問題。
雖然計算程序的改變(即便相同版本號的計算程序也有所改動)、每一代的任務包的改變、計算結果分析的改變都沒有明顯到讓各位都察覺到,但我們確實在時時改進著項目。
在引入某項改進的時候,這項改進給任務生成程序帶入了一個bug 。我們確信在3月12日已經將此bug修復。看起來從那以后再沒有出現與任務生成相關的問題。不過,那些已經產生的錯誤任務包仍然存在,而且我們暫時還不知道如何干掉他們。請不要擔心,這也不會浪費各位的處理時間,計算程序在開始計算這種錯誤包的時候會直接出現“ ERR_TOO_MANY_EXITS”錯誤信息。
好消息是我們已經開始起草一篇關于項目研究成果的文章了。

  • 2018/03/14

[email protected]:Theory 子項目今日達成四萬億次事件模擬!
[email protected] 項目的Theory 子項目(原Test4Theory),今天達成了四萬億次事件模擬的里程碑。該項目啟動于2011年,是首個BOINC 平臺上采用虛擬機技術(基于CREN 的CernVM 系統)的項目。
我們在接下來的幾天里會在[email protected] 項目官網與CERN 官網為各位提供更多關于此事的消息。
在此奉上一條報道,感謝所有為本次成就貢獻了力量的志愿者們!

  • 2018/03/11

RakeSearch:發布了新發現的正交對角拉丁方陣
笑迎狗年到,喜事連珠炮:項目滿七月,方陣又找到!
目前我們正在研究分析該圖表(figures 19-27)的方法。同時,這些工作還能幫助我們實現“在項目網站上展示各人發現”的想法。
感謝大家的參與,祝各位算好!

  • 2018/03/07

World Community Grid:IMP(微生物免疫項目)進展
在您的幫助下,我們已經預測了超過50000個優先蛋白質的結構!在我們腸道中200萬種獨特的細菌蛋白質的宏大計劃中,這似乎并不是很多,但請記住,迄今為止的實驗工作只涵蓋了大約125000種蛋白質。在短短的6個月內,我們將已知蛋白質結構的范圍擴大了近28%,取得了巨大的進展!

您可能已經意識到,按照這個速度,預測所有的細菌蛋白質結構需要數年時間才能完成。幸運的是,我們不必預測每一個結構,因為蛋白質可以分為不同的家族。這些家族由具有相似結構和功能的蛋白質組成,只有每個家族有一名代表成員才能全面了解家族的功能。一旦我們確定了感興趣的蛋白質家族,我們將更詳細地研究它們。

與此同時,我們已經調整了我們的戰略,即如何優先考慮預測。而不是只看細菌的基因組(一個細菌物種的基因),我們研究了細菌pangenomes(所有菌株的基因屬于同一物種)。然后我們把這些pangenomes根據患病個體之間在隊列研究IBD和T1D的微生物的作用。這種方法使我們能夠在項目早期發揮最大的影響力。我們不僅詳細介紹了T1D和IBD中涉及的微生物,還擴大了對微生物組的了解。

我們現在正在從您的預測中提取信息,并且在項目過程中,我們計劃將數據提供給公眾進行其他令人興奮的研究。我們還在研究改進蛋白質功能預測的方法,使我們能夠在迄今為止所做的數千次預測中找到涉及T1D和IBD的重要蛋白質家族。

由于您的慷慨捐助使所有這些進展都成為可能!關于微生物群還有很多需要發現的地方,但是在您支持的每一個計算中,我們正在更接近地了解每個人體內這個重要生態系統的細節,并了解IBD和T1D。 所以,謝謝,讓我們繼續共同努力,揭開微生物組的奧秘!

  • 2018/03/01

GPUGRID:發表了新的研究成果:《分子模擬驅動的新發現CXCL12抑制劑片段篩選》
高興的向大家宣布一個好消息,我們對CXCL12趨化因子(chemokine)的研究成果已經正式發表 ,相應的獎牌也已經發放完畢。我們更新了我們網站上的“科學”頁面,大家現在能夠在這里看到自己對此次研究的貢獻。
再次感謝各位算友為項目作出的貢獻!

  • 2018/02/26

[email protected]:發表了如下兩篇論文,它們包含了一些計算實驗的結果,目的是研究圖最短路徑問題中啟發式決策的質量(第一),并找到具有最短線數的拉丁對角平方和(第二)。:

  1. 圖最短路徑問題中有限深度優先搜索方法決策質量的比較 // Open Engineering. Vol. 7. Iss. 1. 2017. pp. 428–434. DOI: 10.1515/eng-2017-0041. https://www.degruyter.com/view/j/eng.2017.7.issue-1/eng-2017-0041/eng-2017-0041.xml?format=INT
  2. 使用志愿者計算來研究拉丁對角方塊的一些特征 // Open Engineering. Vol. 7. Iss. 1. 2017. pp. 453–460. DOI: 10.1515/eng-2017-0052. https://www.degruyter.com/view/j/eng.2017.7.issue-1/eng-2017-0052/eng-2017-0052.xml?format=INT
  • 2018/02/11

Citizen Science Grid:針對 Widelife 子項目新的研究已啟動。在上一批的結果中研究團隊找到了有趣的發現,將于近期提交論文并向廣大算友提供閱覽。新一批任務包已經到位,如有問題請至官方論壇提問。

  • 2018/02/09

World Community Grid:FAH項目有了新的研究工具及團隊成員。
項目正在尋找一種可靶向于HIV內、保護病毒RNA的蛋白質殼(稱為衣殼核心)化合物。目前,尚無批準的藥物靶向這種蛋白質殼。在此次更新中,Olson博士總結了團隊迄今為止的進展情況,介紹了一種新的軟件工具,以幫助他們開展工作,并向我們介紹一位新的研究團隊成員。同時,項目先前大部分成果現在都已經收到,我們現在正在實驗性地評估30種最有希望的化合物對抗前兩個衣殼部位的過程。預計要花大約四個月時間,并重新啟動虛擬篩選工作的第一階段。

  • 2018/01/22

World Community Grid清水計算結果啟發了二次研究
一個國際研究團隊受到清水計劃項目結果啟發,使用了略微不同的模型研究氧分子以及水分子的擴散效應。

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